Bioinformata Pleno

• Desenho e implementação de pipelines de bioinformática: Projetar pipelines reprodutíveis (pré-processamento, alinhamento, chamadas de variantes, gVCF, joint-calling) utilizando containers e seguindo melhores práticas internacionais (GATK Best Practices, nf-core).
• Definir painéis/métricas de QC: Estabelecer métricas de qualidade para sequências (FASTQ/BAM/VCF) e metadados clínico-fenotípicos, definindo thresholds, alertas e relatórios.
• Automatização: Desenvolver rotinas automatizadas para ingestão, auditoria e curadoria, garantindo eficiência, padronização e rastreabilidade.
• Consolidar catálogos e metadados: Apoiar a construção de catálogos agregados de variantes (frequências populacionais), indexação e versionamento de metadados conforme ontologias reconhecidas (HPO, SNOMED-CT, OMOP, GA4GH).
• Procedimentos Operacionais Padrão (SOPs): Elaborar documentos técnicos, guias e templates para garantir governança, auditoria e reprodutibilidade dos processos.
• Documentação robusta: Criar e manter documentação completa e clara, garantindo que pipelines e procedimentos possam ser mantidos, auditados e evoluídos pela equipe no futuro.

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QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:

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FORMAÇÃO:

• Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana.

EXPERIÊNCIA:

• Mínimo de 3 anos em bioinformática (acadêmica ou profissional), com atuação comprovada em genômica.
• Experiência sólida no desenho, implementação, operação e otimização de pipelines reprodutíveis (pré-processamento, mapeamento, chamadas de variantes, joint-genotyping etc.).
• Participação prévia como bioinformata em projetos de genômica.

HABILIDADE TÉCNICAS:

• Experiência prática com Nextflow e/ou WDL/Cromwell, incluindo execução em ambientes HPC.
• Domínio de ferramentas essenciais: GATK, BWA, samtools/bcftools, Picard.
• Uso de ontologias biomédicas (HPO, SNOMED, OMOP) ou experiência em mapeamento de metadados clínicos.
• Experiência com containers (Docker, Singularity/Apptainer).
• Vivência em QC e curadoria de dados genômicos.
• Conhecimento de ambientes HPC (SLURM, filas, quotas, logs, storage distribuído).
• Sólida experiência em Linux e Shell Script.
• Experiência com Git, versionamento, CI/CD e boas práticas de engenharia de software.

HABILIDADE INTERPESSOAIS:

• Abordagem analítica e orientada à solução de problemas.
• Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica.

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DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS:

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OUTRAS QUALIFICAÇÕES:

• Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets).
• Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP.
• Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM.
• Inglês intermediário

DIFERENCIAIS:

• Doutorado em Bioinformática ou áreas correlatas.
• Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática.
• Experiência prévia em projetos nacionais ou multicêntricos de grande escala.
• Experiência com pipelines nf-core, HAIL ou Spark genômico.
• Conhecimento de processamento em GPU e Nvidia Parabricks em genômica.

SOBRE O PROJETO:

Nos próximos 24 meses, vamos transformar milhares de sequências genômicas dispersas em um repositório nacional vivo, seguro e interoperável — com pipelines Nextflow/WDL executando em HPC, controle de qualidade rigoroso e metadados harmonizados.

Estamos construindo o primeiro piloto do Repositório Nacional Genômico, integrando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS, criando a base para pesquisas em saúde pública, vigilância genômica e medicina de precisão.

Buscamos pessoas inquietas, altamente técnicas e comprometidas com a ciência aberta e o uso ético de dados sensíveis que desejam contribuir para uma das iniciativas mais estratégicas do país em genômica humana.

SOBRE O CIDACS:

O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data. Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas. Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time. Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.

Aqui você encontrará:

• Um ambiente acolhedor e colaborativo;
• Profissionais altamente qualificados e multidisciplinares;
• Infraestrutura de ponta (HPC, data lake seguro, TRE);
• Incentivo à inovação, formação contínua e autonomia científica.

Se você é apaixonado por bioinformática, automação e desafios complexos, venha fazer parte dessa missão.

Traga seu talento e comprometimento e venha fazer parte desse time!

Mais informações sobre o Cidacs, acesse: www.cidacs.bahia.fiocruz.br

📍O Cidacs conduz estudos e pesquisas baseados em projetos interdisciplinares originados na vinculação de grandes volumes de dados para ampliar o entendimento dos determinantes e das políticas sociais e ambientais sobre a saúde da população. 📍